南京公司注册在建邺区，办理三证合一到工商局吗？

需要的。

1、公司法定代表人签署的《换照申领表》

2、公司签署的《指定代表或者共同委托代理人的证明》及指定代表或委托代理人的身份证复印件（本人以及法人签字）以及代理委托人的身份证原件以备核对

3，税务证明正副本，组织机构代码证正副本

应标明具体委托事项、被委托人的权限、委托期限

以及企业的营业执照原件正副本直接到登记机关申请换取，详细情况和时间请和登记机关联系。